公司部门撤编调岗是否合法，需结合具体情况判断。用人单位调整岗位须有合法依据：
1. 部门撤编属生产经营需要，新岗位与原岗位工作内容、薪资等基本一致，经与劳动者协商后调岗，通常合法；
2. 若撤编非生产经营所需，或新岗位差异大（如地点偏远、薪资大幅降低），且未协商一致强制调岗，可能不合法；
3. 劳动者不能胜任原岗位，部门撤编后调至更适合岗位且调岗合理，一般合法。
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公司部门撤编调岗合法性有明确法律依据：
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条（2012年修正版）“用人单位与劳动者协商一致，可变更劳动合同内容，变更应采用书面形式”及《中华人民共和国劳动法》第十七条“订立、变更劳动合同应遵循平等自愿、协商一致原则”。若部门撤编调岗未与劳动者协商一致，单方面变更岗位，即违反上述“协商一致”原则，通常不具合法性。
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公司部门撤编调岗可能存在以下法律风险：
1. 违法调岗风险：未协商一致强制调岗，且新岗位与原岗位差异明显（如技术岗调至体力岗），劳动者可依法维权；
2. 维权时效风险：劳动争议仲裁时效为1年，自权益受损之日起算。若超1年申请仲裁，可能因时效问题无法获法律保护。
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公司部门撤编调岗处理可能受特殊情形影响：
1. 经营困难大规模调岗：因整体经营困难需调整岗位维持生存，需履行民主程序、向劳动行政部门报告等，调岗合法性需综合考量经营困难真实性及调岗必要性；
2. 劳动者不能胜任工作：部门撤编前劳动者已不能胜任原岗位，调至更适合岗位且合理，调岗通常合法；
3. 特殊人才政策：若员工属特殊人才且当地有调动优惠政策，调岗条件和程序可能与普通员工不同，影响处理结果。

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